Центр онкологии Комплекс Ассута Лечение рака
в Израиле
Главная » Статьи » Пресс-релизы

Международная команда под руководством российских ученых разработала систему OncoFinder для анализа транскриптомных данных

26.08.2014 Международная команда под руководством российских ученых разработала систему OncoFinder для анализа транскриптомных данных

Для анализа экспрессии генов используются аналитические методы секвенирования и микрочипирования. Однако используя их с большой вероятностью можно получить ошибочные результаты на разных стадиях приготовления образцов, анализа и обработки полученных данных. Российские ученые предложили уникальный биоинформатический инструмент для математического анализа внутриклеточных сигнальных путей OncoFinder, который поможет провести количественный анализ функциональных изменений внутри клетки и свести к минимуму ошибки экспериментальных приборов. Данные об этом будут опубликованы в журнале Frontiers in Molecular Biosciences в Августе 2014 года.

Алгоритм OncoFinder может считывать и обрабатывать большой объем внутриклеточных сигналов. Известно, что любые изменения клетки сопровождаются активацией множества сигнальных путей. Именно они определяют все основные процессы в клетке: рост, дифференцировку, пролиферацию, миграцию, жизнедеятельность, превращение в опухолевую клетку и клеточную смерть. На основе транскриптомных данных OncoFinder дает количественную и качественную характеристику активации сигнальных путей и сравнивает эти показатели с нормой. Этот биоинформатический инструмент позволяет с большой точностью отслеживать любые функциональные изменения внутри клетки.

Группа ученых под руководством доктора биологических наук, заведующего лабораторией в ФНКЦ Детской Гематологии, Онкологии и Иммунологии им Д. Рогачева, Антона Буздина решила провести эксперимент и сравнить данные экспрессии генов одинаковых биологических образцов, полученных на секвенаторе последнего поколения и методом микрочипирования. В результате эксперимента было доказано, что результаты экспрессии отдельных генов имеют слабую корреляцию. Напротив, данные экспрессии генов объединенные в сигнальные пути полученные с помощью OncoFinder, имеют высокую корреляцию с данными секвенирования последнего поколения и микрочипирования. Это означает, что OncoFinder значительно уменьшает ошибки экспериментальных приборов для широкого анализа транскриптома и может стать незаменимой методикой для биоинформатики, молекулярной диагностики и медицины.

В разработке и валидации методики OncoFinder приняло участие более пятидесяти ученых из различных организаций включая группы Николая Борисова (ФМБА России), Сергея Румянцева (ФНКЦ ДГОИ, МФТИ), Александра Алипера (МГУ), Андрей Гаража (МФТИ), Михаила Корзинкина (МИФИ), Николая Жукова (МИОИ им. П.А.Герцена), Ольги Ковальчук (Альберта, Канада), Чарльза Кантора (Бостонский Университет), коллектив Чинсонга Жу (Университет Джонс Хопкинс), Александра Жаворонкова (ФНКЦ ДГОИ, МФТИ).

По словам ученых, технология OncoFinder может применятся не только для сравнения транскриптомных данных полученных с помощью разных платформ и подбора таргетных препаратов в персонализированной медицине рака, но и в других заболеваниях, а также для пресказания эффективности различных препаратов и их комбинаций для лечения возраст-зависимых заболеваний.

Президент фонда поддержки молодых ученых УМА Анна Чапман прокомментировала это исследование: «На данный момент методика анализа облака сигнальных путей OncoFinder является уникальной возможностью сделать диагностику сложных онкологических заболеваний более точной и улучшить принятие решений при подборе таргетных препаратов для каждого конкретного случая. Я горжусь тем, что всемирно значимое научное достижение, сделанное именно российскими учеными, станет в дальнейшем незаменимым для каждой научно-исследовательской лаборатории во всем мире. Фонд УМА также помог с оплатой редакции статьи носителями языка для увеличения шансов принятия данных к публикации в хорошем журнале, который предоставляет научные статьи в открытом доступе».

Более подробно о методике OncoFinder можно будет узнать на форуме в городе Базель (Швейцария) 23-24 сентября, который собираются посетить более 3,500 представителей фармацевтических компаний и крупнейших исследовательских институтов со-организатором которой является Александр Жаворонков (ФНКЦ ДГОИ, МФТИ). Регистрация на мероприятие бесплатная, подробную информацию о мероприятии можно найти на сайтax www.AgingPharma.org и www.miptec.ch.

пресс-секретарь
фонда поддержки молодых ученых УМА
Зюлина Виктория


Диагностка и лечение онкологии в медицинских центрах Израиля подробная информация

Если у вас есть вопросы к врачам онкологам вы можете задать у нас на сайте в разделе консультации

Подпишитесь на рассылку Новости онкологии и будьте в курсе всех событий и новостей в мира онкологии.


Видео новости
Версия для печати | В Избранное | Отправить другу

Социальные кнопки






» Пресс-релизы
Патология щитовидной железы 24.08.2014

Патология щитовидной железы

Патология щитовидной железы может иметь различное происхождение и различные клинические проявления.
Основные признаки тромбофлебита. 19.08.2014

Основные признаки тромбофлебита.

Первопричиной заболевания считается воздействия инфекционных агентов, которые оседают в расширениях варикозных вен. Так оказывается негативное воздействие на сосудистую стенку, что провоцирует возникновение воспалительного процесса.
Доброкачественная липома. Лечение в условиях клиники. 21.07.2014

Доброкачественная липома. Лечение в условиях клиники.

Это доброкачественное новообразование может появиться в любом месте тела, где есть подкожная жировая клетчатка. То есть на руках, животе, на груди или на шее, а возраст, в котором образование липом наиболее вероятно – 40 лет.
Реконструкция груди после радикальной мастэктомии 21.07.2014

Реконструкция груди после радикальной мастэктомии

Самой тяжелой с психологической и физиологической точек зрения операцией по пластике груди является радикальная мастэктомия.
Медикаментозное лечение рака легких 18.07.2014

Медикаментозное лечение рака легких

Именно удаление легкого рассматривают на сегодняшний день как самое эффективное средство борьбы со злокачественными новообразованиями. В случае удачного исхода удается полностью избавить организм от атипичных клеток.
Реклама